El antiguo territorio nacional de Neuquén fue elevado a la categoría de provincia por ley N° 14.408 sancionada el 15 de junio de 1955, pocos días antes del golpe de estado que derrocó al Presidente Juan Perón y proscribió políticamente a los peronistas.
En ese contexto, los dirigentes peronistas locales, muchos de ellos intendentes depuestos por los militares (Agapito Cortez Rearte de Neuquén Capital, Alfonso Creide de San Martín de los Andes, Amado Sapag de Zapala, Miguel Ganem de Junín de los Andes, Emilio Pessino de Chos Malal y Felipe Sapag de Cutral-Có), así como los dirigentes sindicales petroleros, comenzaron a pensar en un mecanismo para poder participar de la actividad política de la nueva provincia, limitados como estaban a votar en blanco.
Se propuso entonces crear un partido que no tuviera una adscripción abierta al peronismo ni incluyera al ex presidente Juan Perón (por entonces en el exilio) entre sus autoridades. Esta propuesta de «peronismo sin Perón», también conocida como neoperonismo fue rechazada por un sector, pero contó con la adhesión de quienes en definitiva serían los fundadores del MPN.
Se fundó el 4 de junio de 1961, en la ciudad de Zapala y su primer presidente fue Elías Sapag.
Felipe Sapag resultó electo gobernador en 1962 en las primeras elecciones en las que el MPN se presentó, pero el golpe de estado que derrocó a Frondizi dejó sin efecto la asunción al poder. Volvió a ganar en las elecciones de 1963, en las que Arturo Illia resultó elegido presidente, volviendo a ser derrocado por el golpe militar de 1966, encabezado por el General Juan Carlos Onganía. En 1973 volvió a ganar las elecciones a gobernador, cuando Cámpora resultó elegido presidente, pero volvió también a ser derrocado con el golpe de estado de 1976. Restablecida la democracia en 1983 nuevamente triunfó en las elecciones para gobernador, cuando Raúl Alfonsín lo hizo en las de presidente. Por primera vez terminó su mandato en 1987 resultando reelecto una vez más en 1995 hasta 1999.
Con el regreso de Perón a la Argentina y el retorno de la democracia en 1973, el MPN conducido entonces por Felipe Sapag rechazó las instrucciones de Perón de disolver el MPN, diciendo "los neuquinos nos hemos puesto los pantalones largos”.
A partir de 1987 el MPN incorpora en su carta orgánica la selección de los candidatos a cargos electivos provinciales y nacionales, y cargos partidarios , a través de elecciones internas, En la primera elección interna confrontan dos sectores: el celeste representado por Pedro Salvatori y el blanco (MAPO) representado por Luis Jalil. El MPN fue conducido por Elías Sapag como presidente del partido hasta su fallecimiento. Lo sucedió Jorge Sobisch y actualmente es Omar Gutierrez.
El MPN ganó la gobernación de la provincia en todas las elecciones realizadas desde 1962: Felipe Sapag (1963-1966; 1973-1976; 1983-1987; 1995-1999), Pedro Salvatori (1987-1991), Jorge Sobisch (1991-1995; 1999-2003; 2003-2007) y Jorge Augusto Sapag (2007 y 2011).
